用 NetLogo 为 Covid-19 大流行建模
2023-09-05 15:49
jackygu.eth
2023-09-05 15:49
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1. 为什么做 Covid-19 模型?

Covid-19 似乎已经与我们远去,但过去两年半来,这场全球大流行病给我们带来了巨大的冲击,其影响将长期延续。新冠病毒的出现改变了我们的生活方式、经济格局和全球卫生安全的认识。尽管疫苗的开发和广泛接种取得了一定的进展,但全球范围内仍然存在着新冠病毒的传播和感染风险。

未来,新冠病毒是否会再次出现是一个令人关注的问题。由于病毒的变异性和传染性,无法完全排除新的变种或突发疫情的可能性。科学家、医疗专家和政府机构都在持续研究和监测新冠病毒的发展,以便及时采取措施来预防和控制潜在的疫情爆发。

三天前,我找到了NetLogo这个用于生物学,社会学,经济学等领域的建模软件,然后花了一天时间学习使用和编程。学习这个软件的目的是为了尝试通过建模方式,研究加密货币市场中的交易者行为,并试图用这种新的方法论来建立加密货币的价格模型。设计完模型架构后,发现这个模型的复杂度相当高,作为一个NetLogo新手,很难驾驭,所以试着找到一个较为简单的模型来练练手。

Covid-19是一个非常典型的多主体模型(Agent-based modeling - ABM)复杂模型,而 NetLogo 正是一个广泛用于建立、模拟复杂系统的工具。使用NetLogo来为Covid-19建模,可以帮助我们更好地理解病毒传播的动态过程、影响因素和应对策略。通过建立模型并进行模拟实验,我们可以探索不同的假设和策略,评估它们在控制疫情和减轻影响方面的效果。

2. 模型展示

上图显示在 146 天内,与感染者接触后感染率 80%,康复期为 10 天,康复后免疫期为 90 天时的感染率模拟图,显示高峰期约在 76 天,无人死亡。红色小人是感染者。

上图显示在 231 天内,与感染者接触后感染率 100%,康复期 21 天,康复后免疫期为 50 天时的感染率模拟图,显示出现两个高峰,一个高峰在第 64 天,另一个在 166 天,并有 60 人死亡。红色小人是感染者。

3. 建模过程

3.1. 建模参数

在这个模型中,我设了四个参数,分别是:

  • population: 即人口密度,取值范围 0~5000

  • infectiousness: 感染率,即当正常人遇到一个感染者时,被感染的概率,取值范围 0~100,代表 0%~100%

  • recover-days: 即接受治疗后,多少天可以康复,取值范围 0~100 天

  • immunitydays: 在康复后,获得免疫力的天数,过了这个免疫期,如果再次遇到感染者,会第二次被感染

3.2. 输出结果

输出的结果有两个:

  • %infection: 即感染率,感染率的计算方式:
set %infection (count turtles with [color = red] / count turtles) * 100

上述代码意思是感染人群 (count turtles with [color = red]) 数量占总人群 (count turtles) 的比例。

  • died: 死亡人数,计算方式:
ask n-of (count turtles with [color = red] * 0.001) turtles with [color = red] [	set died died + 1	die]

上面代码中0.001是死亡率,在这里指0.1%。上述代码意思是指在感染人群 ([color = red]) 按死亡率随机选择 n 个患者,设为die,并将died加 1

3.3. 程序详解

3.3.1. 全局变量,包括三个:
globals [  %infection  died  max-ticks]
3.3.2. 人的属性,有两个,用于记录感染和康复的时间。在这里,时间用ticks表示
turtles-own [  infected-tick  recovered-tick]
3.3.3. 初始化
to setup  clear-all  reset-ticks  ask patches [set pcolor white]  ;;设置背景  create-turtles population [     ;;创建人,数量为 population 参数    set shape "person"            ;;设置为人的形状    set color green               ;;将健康人设为绿色    set recovered-tick 0          ;;将康复时间设为 0    setxy random-xcor random-ycor ;;随机将人放在不同位置  ]  ask n-of 1 turtles [            ;;随机确定一个人为 0 号感染者,如果需要设置多个,将 1 改为相应数量    set color red                 ;;将感染者设为红色    set infected-tick ticks       ;;设置感染时间 ticks  ]  set %infection (count turtles with [color = red] / count turtles) * 100	;;计算感染率  set max-ticks 1000              ;;设置模型最多天数为 1000 天 end
3.3.4. 每一步执行的程序
to go  if ticks >= max-ticks or %infection = 0 [stop]    ;;如果感染率为 0,或者达到最大 ticks 时,停止模型  tick                                              ;;前进一天    ;;随机游走 1 步,相当于人与人的随机接触  ask turtles [    rt random 180     lt random 180    fd 1  ]  ask turtles with [color = red] [    ask other turtles-here with [color = green] [   ;;在同一地区,遇到健康的人      if random 100 < %infectiousness and           ;;如果随机数小于感染率,并且没有康复过,或者康复过,但是已过康复后免疫期,则被感染			(recovered-tick = 0 or recovered-tick + immunitydays < ticks) [        set color red                               ;;设为感染状态 - 红色        set infected-tick ticks                     ;;设置感染时间为当下 ticks        set recovered-tick 0                        ;;设置感染后康复时间为 0      ]    ]        if infected-tick + recover-days < ticks [       ;;如果感染后一段时间后,康复      set color green                               ;;设为康复状态 - 绿色      set infected-tick max-ticks                   ;;设感染时间为最大值      set recovered-tick ticks                      ;;设置康复时间为当下 ticks    ]  ]    ;;判断是否死亡,见 3.2  ask n-of (count turtles with [color = red] * 0.001) turtles with [color = red] [    set died died + 1    die  ]    set %infection (count turtles with [color = red] / count turtles) * 100end

3.4. 组件设计

见上图红色框中的组件,在这个模型中,我建了 10 个组件,分别是:

  • 按钮

    • setup 初始化

    • go 循环执行一步

  • 滚动条 Slider

    • population

    • %infectiousness

    • recover-days

    • immunitydays

  • 监视器

    • %infection 感染率

    • died 死亡人数

  • 图表 plot

    • Infection 感染率曲线图

    • Died 死亡人数曲线

4. 不同参数模拟

下面我将不同参数下得到的模型结果列在下面,为方便起见,只显示监控器和图标。另外,每组参数都会进行三个模拟,所以会有三个图片:

5. 结论

我不是医学专家,以上只是从数学建模方式提供一些数据参考,作为学习NetLogo的一个案例。

【免责声明】市场有风险,投资需谨慎。本文不构成投资建议,用户应考虑本文中的任何意见、观点或结论是否符合其特定状况。据此投资,责任自负。

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